Para configurar as comissões dos funcionários você pode ir lá em
La no funcionário desejado é só dar um AÇÕES>ALTERAR
La você vai na aba de remuneração e pode configurar as comissões
Depois de realizar os passos acima, para recalcular as comissões dos funcionários você acessa:
MENU > FINANCEIRO > COMISSÕES
Na próxima tela você filtra o período que deseja encontrar a venda ai você vai no vendedor que deseja atualizar os valores e clica sobre o nome dele
Logo na próxima tela você vai ter acesso as vendas deste vendedor, e junto a elas a opção de recalcular as vendas dele, recalculando a comissão os valores vão ficar tanto no veículo, quanto nos seus relatórios.
OBS: O funcionário deve estar marcado como vendedor para que seja possível realizar essas alterações!